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先秦
孔父嘉為宋大夫,其子木金父避華督之禍奔魯。四世孫防叔為魯防邑宰,遂家於魯國陬邑(今曲阜東南)。防叔生伯夏,伯夏生叔梁紇——為魯國武士,以勇力著,曾托舉城門以出士卒。
叔梁紇晚年與顏徵在生孔子(前551—前479)。孔子之後,子孔鯉,孫孔伋(子思,著《中庸》),傳至孟子而為「思孟學派」。戰國孔氏在魯國世守其學。
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兩漢
漢高祖過魯,以太牢祀孔子——為帝王祀孔之始。元帝封孔子十三代孫孔霸為褒成侯,孔氏封爵自此不絕。
孔安國為孔子十一代孫,武帝時得孔壁古文《尚書》,以今文讀之,創古文經學。孔僖、孔奮、孔融(二十代孫)皆顯於東漢。孔融為北海相,「孔融讓梨」為童蒙之訓;後為曹操所殺。
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魏晉南北朝
永嘉之亂,孔氏一支南遷會稽,孔愉、孔坦、孔靖諸人顯於晉宋,會稽孔氏為江東著姓。
曲阜本支不絕,歷代封爵——魏封宗聖侯、晉封奉聖亭侯、北魏封崇聖侯、北齊封恭聖侯。
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隋唐
唐孔穎達奉太宗命撰《五經正義》一百八十卷,統一南北經學,為唐宋科舉之定本,「疏不破注」之體自此立。
唐玄宗開元二十七年追諡孔子「文宣王」,封三十五代孫孔璲之為文宣公。唐孔巢父、孔戣皆顯。
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宋元
宋仁宗至和二年,改封四十六代孫孔宗願為「衍聖公」——此爵歷宋、金、元、明、清、民國凡八百八十餘年,三十二代承襲,為中國世襲最久之封爵。
建炎二年,四十八代孫衍聖公孔端友奉子貢手摹孔子夫婦楷木像隨高宗南渡,賜家衢州,是為「南宗」;留曲阜者為「北宗」。元時南宗孔洙讓爵於北宗,「寧違榮而不違道,寧棄爵而不棄祖」,世稱「孔洙讓爵」,為孔氏千古之美談。
元大德十一年加號孔子「大成至聖文宣王」,為孔子封號之極。
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明清至近代
明清孔府(衍聖公府)為「天下第一家」,佔地二百餘畝,與孔廟、孔林合稱「三孔」,一九九四年列入世界文化遺產。
明代起孔氏行輩由皇帝欽定:明太祖賜十字「希言公彥承、宏聞貞尚衍」;清乾隆賜十字「興毓傳繼廣、昭憲慶繁祥」;道光賜十字「令德維垂佑、欽紹念顯揚」;民國孔德成(末代衍聖公,後改稱大成至聖先師奉祀官)報政府核准續二十字「建道敦安定、懋修肇彝常、裕文煥景瑞、永錫世緒昌」。共五十字,孟、顏、曾三姓同用之——是為中國唯一由國家頒定、四姓共守之行輩。
《孔子世家譜》自明代六十年一大修、三十年一小修。二〇〇九年第五次大修,收錄約二百萬人,含女性、少數民族與海外孔氏,為存世時間最長、代系最全、人數最多之家譜,列吉尼斯世界紀錄。
今孔姓以山東為第一大省,河南、江蘇次之;東北孔姓多為清代闖關東者之後。